28 juillet 1939 : départ de Saïgon sur le Primauguet, sister ship du Lamotte-Picquet. C'est le retour vers la métropole, et la fin d'un séjour commencé près de deux ans auparavant. Le trajet sera plus long qu'à l'aller, le canal de Suez ayant été fermé en raison des tensions internationales ; il faudra donc contourner l'Afrique.
C'est en pleine mer que le bateau apprendra la déclaration de guerre à l'Allemagne le 1er septembre 1939.
Dakar est le siège d'un drame à bord du Lamotte-Picquet : : le collecteur explose et brûle alors tout l’équipage qui est de quart à la chaufferie avec de la vapeur à 450 °C. En général, la consigne en cas d’accident chaudière, et de descendre dans la calle, car il y a toujours de l’eau – il y a sinon 5 étages à monter. Mais malgré tout les matelots sont brûlés et noyés. Le bilan est tragique, avec une vingtaine de morts. Certains tenaient encore les barres de niveau, espérant les casser pour se rafraîchir avec l’eau.
Après une double traversée de l'Atlantique, le Primauguet se retrouve dans la zone ou sévit l'Admiral Graf Spee. Il reçoit alors pour mission de participer à sa recherche, mais il ne le trouve pas - ce qui valut peut être mieux vu l'ancienneté du navire...
Le bateau met enfin le cap sur Lorient où il arrivera le 28 octobre 1939.
En juin 1940 , le Primauguet participera à une bataille cruciale : le sauvetage vers Casablanca de 11 tonnes d'or de la Banque de France sous le feu allemand.